Mateřská škola v Prachovicích byla zřízena 23. 7. 1948 výnosem zemské školní rady v Praze. Byla umístěna v učebně národní školy. Správou a vedením byl pověřen ředitel národní školy. Provoz byl zahájen v jedné třídě v době od 8:00 do 11:00 hodin a od 13:00 do 15:00 hodin. V mateřské škole s dětmi pracovala učitelka s pedagogickou praxí. Třída a vybavení mateřské školy nebylo příliš vyhovují. Trvalo několik let, než byla mateřská škola přiměřeně vybavena hračkami, pomůckami a školní knihovnou. V padesátých letech byly v mateřské škole organizovány pravidelné zdravotní prohlídky dětí. V roce 1956 došlo k nárůstu počtu zapsaných dětí a 1. 10. 1956 byl zahájen celodenní provoz i se stravováním dětí.
Během své historie se mateřská škola několikrát stěhovala, než se dočkala vlastní budovy. Dne 1. 5. 1958 byl zahájen provoz v nové budově mateřské školy.
V sedmdesátých letech se mateřská škola rozrostla o oddělení batolat. Otevřeno bylo také přípravné oddělení, které poskytovalo přípravu na školní docházku dětem nezaměstnaných matek a nebyly do mateřské školy zařazeny. Do tohoto oddělení pravidelně dojížděly i děti ze sousedních obcí. V těchto letech spolupracoval kolektiv mateřské školy s mateřskou školou ve Wetzendorfu v tehdejším východním Německu na základě smlouvy o družbě a přátelství.
V osmdesátých letech minulého století bylo na původní budovu přistavěno patro. Budova se přizpůsobovala vyššímu počtu předškolních dětí v obci a potřebám rodičů zaměstnaných v místní cementárně. V této době mateřskou školu cementárna provozovala jako závodní mateřskou školu. Součástí nové budovy byla i samostatná školní kuchyně. V této době navštěvovalo mateřskou školu nejvíce dětí v její historii. Počet dětí se pohyboval kolem sto dvaceti a byly rozděleny do čtyř tříd. V bezprostřední blízkosti mateřské školy byla zahájena výstavba školní zahrady, která byla v šedesátých letech ohodnocena jako nejlépe vybavená vesnická zahrada.
V roce 1993 se stává zřizovatelem mateřské školy místní obecní úřad a je jím dodnes. V těchto letech se začíná projevovat klesající tendence v počtu předškolních dětí v obci a tomu odpovídá i měnící se počet tříd mateřské školy.
V roce 2010 se budova mateřské školy dočkala další rozsáhlé rekonstrukce v rámci projektu spolufinancovaným Evropskou unií, fondem soudržnosti a Státním fondem životního prostředí ČR v rámci Operačního programu životní prostředí. Díky této rekonstrukci získala dnešní podobu. Proměnou v této době prošla i školní zahrada, která byla téměř celá zničena velmi silnou bouřkou v roce 2008. V nedávné době byly částečně upraveny i vnitřní prostory mateřské školy, například hygienické zařízení, sklepní prostory, šatny pro zaměstnance a kabinety.
V současnosti zřizuje mateřskou školu Obec Prachovice. Mateřská škola se stala příspěvkovou organizací obce a zajišťuje péči o předškolní děti z Prachovic i okolních obcí ve třech třídách. Do jedné z těchto tříd nastupují do mateřské školy děti před dosažením tří let věku.